[세법 개정안] 中企 졸업해도 세제혜택 `2년 더`… 상장사 `최대 7년`

중견 기준 중기 매출 3배로 조정
전략기술 R&D 세액공제 3년 연장
정부가 중소기업을 졸업해도 세제상 중소기업 혜택을 받는 기간을 3년에서 5년으로 늘린다. 코스피·코스닥 상장 중소기업의 경우 총 7년간 유예한다. 중소기업이 세 부담 등을 이유로 성장을 거부하는 이른바 '피터팬 증후군'을 막기 위한 조치다.

중견기업 범위도 손본다. 매출액 상한 기준을 업종별로 중소기업 기준의 3배로 조정한다. 업종 간 과세형평을 제고해 제도를 합리화하겠다는 것이다. 연구개발(R&D) 비용 세액공제도 5배로 늘린다.

25일 정부가 공개한 '2024년 세법개정안'을 보면 정부는 현행 3000억원인 중견기업 기준을 업종별로 구분해 적용하기로 했다.

가령 의류 제조, 1차 금속 제조업 등의 경우 중견기업 기준이 매출 4500억원으로 늘어난다. R&D비용 세액공제도 7500억원으로 상향된다. 반면, 숙박·음식업 등 중소기업 매출액 기준이 400억원으로 낮은 업종은 중견기업 매출 기준이 1200억원으로 떨어진다. R&D비용 세액공제도 2000억원으로 쪼그라든다.

정정훈 기획재정부 세제실장은 "제조업의 경우 중견기업 범위가 중소기업에서 2배만 커져도 중견기업에 속하게 되고, 숙박·음식의 경우 7배 반이 커질 때까지 중소기업 혜택을 보게 되는 등 형평성의 문제가 있다"고 개정 배경을 밝혔다.

투자 촉진을 위해 국가전략기술 등 R&D 세액공제·통합투자세액공제 적용기한은 2027년 말까지로 연장한다. 통합투자세액공제 증가분에 대한 공제율도 일률적으로 10%로 올린다.

일반 R&D 세액공제의 공제율 점감구조 도입을 국가전략기술, 신성장·원천기술 R&D까지 확대하고 통합투자세액공제에도 도입한다. 이를 통해 중견기업이 됐을 때 공제율이 급격히 떨어지는 것을 방지한다. R&D 세액공제 적용대상에 연구요원의 훈련비 등 인력개발비도 추가·확대한다. 해외진출기업 국내복귀 지원을 위해 소득·법인세 감면 적용기한도 3년 연장한다. 현재 정부는 완전 복귀 또는 지방으로 부분 복귀한 경우 7년 동안 100%, 이후 3년간 50%의 소득·법인세를 감면하고 있다. 수도권 안으로 부분 복귀할 경우 3년간 100%, 2년간 50%를 감면 중이다.

안정적인 자원 공급망 구축을 위해 외국자회사를 통한 채굴권·조광권 등 취득에 대한 세액공제 지원요건을 완화한다. 정 실장은 "투자금액의 3%를 공제하고 있는데, 100% 출자하도록 요건을 정하다 보니 합작투자, 외국의 정부 지분이 일부 들어가게 되면 지원을 받지 못하는 한계가 있었다"고 설명했다.

이민우기자 mw38@dt.co.kr