기업들 "R&D 세액공제제도 증빙서류 과다·기준 모호"

"기업이 R&D(연구개발)로 보는 활동을 세무당국은 R&D가 아니라고 판단했다. 'R&D 세액공제 제도' 적용기준이 모호하다. 그래서 현재는 일부 연구원의 인건비만 세액공제를 받고 있다."

"R&D 세액공제 제도 지원을 위해 너무 광범위한 자료를 제출하라는 요구를 받았다. 행정적 비용이 너무 크다는 생각에 세액공제 신청을 하지 않고 있다."

대표적인 기업 R&D 지원책인 'R&D 세액공제 제도'가 과도한 증빙서류, 판단기준의 모호성, 불충분한 정보 등으로, 정작 기업들에 불편이 큰 것으로 나타났다. 기업들은 기업연구소 현장의 특수성을 감안한 R&D 활동 판단기준을 마련하고, 증빙서류를 간소화하는 등 개선책 마련이 필요하다고 입을 모았다.

한국산업기술진흥협회(회장 구자균, 이하 산기연)는 1월 25일부터 2월 26일까지 R&D조직 보유 기업 1978곳을 대상으로 실시한 'R&D세액공제 및 세액공제 사전심사제도 활용실태 조사' 결과를 22일 발표하고, 기업 실태를 고려한 조세지원제도 개선이 필요하다고 지적했다.

조사 응답기업의 20.8%(411개사)는 정보부족, 제출서류 부담 등으로 인해 R&D 세액공제 활용이 어렵다며 개선을 요청했다. 제도 활용의 애로요인으로는 정보부족이 68.4%(281개사)로 가장 높게 나타났다. 기업들은 제도의 내용을 정확하게 이해하기 어렵다며, 구체적 정보제공과 교육이 필요하다고 밝혔다. 특히 정보부족을 호소한 기업의 17.1%(48개사)는 세액공제 대상에 대한 과세당국의 명확한 기준이 필요하다고 지적했다.

세액공제 신청 시 증빙서류와 절차에 대한 부담이 크다는 기업도 24.5%(101개사)로 나타났다. 제출서류가 과다해서 부담이 크다는 의견이 16.5%(68개사), 연구노트 등의 작성 어려움(33개사, 8.0%) 등을 꼽았다.

작년부터 시행 중인 'R&D 세액공제 사전심사제'와 관련해선 필요성에 공감하면서도 보완이 필요하다고 지적했다.

응답기업 중 1096개사(55.4%)가 사전심사제도에 대해 알고 있다고 응답했고, 이 중 169개사(15.4%)가 사전심사제도를 활용했다고 밝혔다. 특히 중소기업의 활용률이 높은 것으로 나타났다. 향후 제도를 활용하겠느냐는 질문에 대해서는 50.1%(991개사)가 의사가 있다고 응답한 반면, 신청하지 않거나 판단을 보류한 경우는 49.9%(987개사)로 나타났다.

사전심사제도를 활용한 기업(169개사) 중 49.1%는 활용에 애로를 겪었으며 개선이 필요하다고 응답했다. 애로사항으로는 심사과정에서 추가 증빙서류 요청(45.8%)과 명확하지 않은 세액공제 적용기준(31.3%) 등이 꼽혔다.

김유식 과기정통부 과학기술전략과장은 "코로나19 팬더믹 등으로 기업의 R&D 투자 위축이 우려되는 상황"이라며 "R&D 세액공제제도는 기업의 R&D 투자를 촉진하는 목적에 맞게 운영될 필요가 있는 만큼 기업들이 제도를 적극적으로 활용할 수 있도록 지원하겠다"고 밝혔다. 김상길 산기협의 전략기획본부장은 "산기협은 과기부와 함께 기업연구소 보유기업이 R&D조세지원제도를 정확하게 이해하고, R&D 활동의 적격 여부를 스스로 판단할 수 있도록 R&D 활동 가이드라인을 제작하고 있다"며 "기업들이 가이드라인을 통해 R&D조세지원에 대한 이해도를 높이고 제도를 원활하게 활용하도록 노력하겠다"고 말했다. 안경애기자 naturean@dt.co.kr